Устанавливаем расширение.
sudo apt-get install php5-mcrypt
Создайте ини файл, если его нет.
➜ ~ cat /etc/php5/mods-available/mcrypt.ini
; configuration for php MCrypt module
; priority=20
extension=mcrypt.so
Включаем модуль.
sudo php5enmod mcrypt
Перезагружаем сервер.
Работает у меня.
