Установим модуль защиты
sudo apt-get install libapache2-mod-evasive
Создадим конфигурационный файл mod-evasive.conf
sudo nano /etc/apache2/mods-available/mod-evasive.conf
Со следующим содержимым:
<IfModule mod_evasive20.c>
DOSHashTableSize 4096
DOSPageCount 5
DOSSiteCount 50
DOSPageInterval 1
DOSSiteInterval 1
DOSBlockingPeriod 10
</IfModule>
Сохраняем (Ctrl-O) и закрываем (Ctrl-X).
Перезапускаем Apache